Les travaux réalisés par le gestionnaire comptable et fiscal reposent tout d'abord sur la qualité de l'information comptable, c'est-à-dire les saisies d'écritures réalisées par lui-même ou bien par une ou plusieurs autres personnes. Cette analyse faisant partie intégrante du contrôle interne.
Les travaux d'inventaire, qu'ils soient périodiques, mensuels, trimestriels ou annuels, impliquent du gestionnaire comptable et fiscal une maitrise du processus et des procédures de réalisation des ajustements nécessaires en comptabilité et un respect juridique, comptable et fiscal des éléments traités.
La présentation des comptes périodiques ou annuels constitue un point important des travaux du gestionnaire comptable et fiscal. Il est à même de produire un bilan, un compte de résultat et une annexe en fonction de la réglementation.
La fiscalité de l'entreprise gérée par le gestionnaire comptable et fiscal repose sur deux axes, la TVA d'une part, et la fiscalité « d'exploitation » d'autre part. Ce dernier point montre une limite sur le plan fiscal, en effet les opérations complexes, ou celles relatives à des conditions territoriales (entreprises nouvelles, zones franches urbaines, zones de revitalisation rurales, etc.) sont hors de son champ d'action.
L'analyse des comptes conclut les travaux en mettant en évidence à partir de ratios, de retraitements de postes comptables, les éléments de gestion permettant au décideur de définir un plan d'action.
Le gestionnaire comptable et fiscal exerce dans les petites ou moyennes entreprises en tant que comptable unique ou responsable comptable, et au sein d'un cabinet d'expertise comptable en tant que collaborateur assistant ou gestionnaire de dossiers.
Dans les petites et moyennes entreprises, le gestionnaire comptable et fiscal assure seul ou avec une équipe, l'ensemble des travaux de comptabilité et de gestion. Dans une entreprise de taille intermédiaire, il sera spécialisé sur une activité spécifique, et intégré au sein d'une équipe pluridisciplinaire.
Dans les cabinets d'expertise comptable, sous l'autorité d'un expert-comptable ou d'un chef de mission, le gestionnaire comptable et fiscal assure la tenue de la comptabilité et effectue les travaux de fin d'exercice des dossiers dont il a la charge.
Selon l'organisation le gestionnaire comptable et fiscal est en relation avec les clients, les fournisseurs, les organismes financiers, les administrations fiscales et sociales… Le principal interlocuteur interne étant le chef d'entreprise ou son adjoint. En fonction des interlocuteurs, le gestionnaire comptable et fiscal développe un savoir-faire relationnel et de communication. Il a connaissance des principales catégories de handicap, de leurs conséquences pour les personnes en situation professionnelle et des principaux aménagements génériques correspondant à l'activité du service.
Le gestionnaire comptable et fiscal réalise ses travaux à l'aide de logiciels. Maîtrise l'utilisation des outils bureautiques.